Objetivo fundamental de los programas formativos es la adquisición de competencias transversales de todos los futuros especialistas. La Consejería de Salud cuenta para ello, y desde el año 2002, con un Programa de Formación en Competencias Transversales, rediseñado recientemente con metodología MOOC (Massive Online Open Course) cuyos contenidos se integran en 4 módulos: Bioética y profesionalismo, Comunicación asistencial y trabajo en equipo, Metodología de la investigación y Asistencia basada en la evidencia y calidad. Sumado a este programa y bajo la misma metodología, se cuenta también con el Programa de Formación en Competencias Específicas y el Programa de Formación de Tutores y Tutoras.
La estructura para la formación de especialistas integra además todos los recursos docentes y de investigación disponibles, en especial la Escuela Andaluza de Salud Pública, Línea Iavante de la Fundación Progreso y Salud, la Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias de Andalucía, la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucía, Fundación Progreso y Salud y los Servicios Centrales de la Consejería de Salud.
La Consejería de Salud define en el 2011 los fundamentos y principios organizativos de estos elementos, publicando el Modelo de Formación de Especialistas en Ciencias de la Salud en nuestra Comunidad Autónoma http://www.csalud.junta-andalucia.es/salud/export/sites/csalud/galerias/documentos/p_2_p_2_planes_integrales/plan_formacion/modelo_formacion_especialistas.pdf , dispositivo organizativo que, sobre la base establecida por el conjunto del Estado, adapta la formación sanitaria especializada a la visión y realidad del SSPA.